Jurusan Nautika Kapal Niaga mengajarkan dasar-dasar untuk menjadi dek kapal yang handal. Bidang ini meliputi navigasi kapal, perawatan dan pemeliharaan kapal, pelaksanaan bongkar muat di atas kapal serta administrasi pelabuhan yang efektif dan efisien. Nautika Kapal Niaga SMK Wisudha Karya Kudus memiliki fasilitas ruang full mision bridge simulator, ruang CBT, simulator, ruang pemetaan untuk menyiapkan perwira muda dalam bidang navigasi kapal niaga. Para siswa dibekali dasar-dasar ilmu pelautan selama 3 tahun dan praktik di atas kapal 1 tahun. Lulusan Nautika Kapal Niaga memperoleh sertifikat Ahli Nautika Tingkat IV (ANT IV) berskala Internasional. Peluang kerja dan prospek para lulusannya antara lain dapat bergabung dalam pengelolaan pelabuhan menjadi nahkoda kapal, bekerja di perusahaan pelayaran dan melanjutkan pendidikan ke perguruan tinggi pelayaran. Salah satu perusahaan yang telah memberikan kepercayaan kepada pelaut produk SMK Wisudha Karya Kudus untuk berkarier di dalamnya yaitu PT. Jembatan Nusantara Surabaya, PT. SPILL dan masih banyak lagi.